انتقال تیاگو به بایرن مونیخ علیرغم قرارداد جدیدی که بارسلونا در سال ۲۰۱۱ به تیاگو داده بود انجام شد و بند فسخ او ۹۰ میلیون یورو تعیین شد. بارسلونا نتوانست به بندهای قرارداد مربوط به مدت زمان بازی که تیاگو دریافت کرده بود عمل کند و در نتیجه بند خرید او به ۱۸ میلیون یورو کاهش یافت. گواردیولا تیاگو را در اولویت خرید قرار داده بود.در ادامه مطلب با وب سایت مجله خبری لیگ قهرمانان همراه باشید.
تیاگو اولین بازی خود را برای بایرن در شکست ۴-۲ مقابل بوروسیا دورتموند در سوپرکاپ آلمان در ۲۷ جولای انجام داد. او اولین بازی خود را در بوندسلیگا در پیروزی ۰–1 مقابل آینتراخت فرانکفورت در 11 اوت 2013 انجام داد.
در ۲۱ دسامبر ۲۰۱۳، او اولین گل رقابتی خود را برای بایرن مونیخ در فینال جام باشگاه های جهان ۲۰۱۳ در مقابل راجا کازابلانکا از مراکش به ثمر رساند و پیروزی ۲-۰ را برای باشگاه آلمانی رقم زد. در ۲۹ ژانویه ۲۰۱۴، او اولین گل خود در بوندس لیگا را به ثمر رساند، برنده بازی با ضربه قیچی در وقت های تلف شده مقابل اشتوتگارت که به عنوان گل ماه انتخاب شد.